Vagtembedsdyrlægen syner dyret før nødslagtning og overvåger aflivning og afblødning. Vagtembedsdyrlægen skal derefter udfylde et certifikat, der skal ledsage dyret til slagteriet. Certifikatet til brug ved nødslagtning sendes til vagtembedsdyrlægerne.
Dyrets ejer skal betale et gebyr for Fødevarestyrelsens kontrol efter betalingsbekendtgørelsens §33. Vagtembedsdyrlægen skal oplyse om skønnet tidsforbrug for kontrolopgaven.